Anche l’assedio e la conseguente distruzione di Milano, di cui si racconta nel nono e nel decimo capitolo del romanzo, sono uno dei motivi per cui Baudolino accusa Federico di esagerata e inutile violenza. Nella città lombarda, all’interno della chiesa di Sant’Eustorgio, vengono anche “ritrovati” i corpi dei tre Re Magi, poi inviati a Colonia. Comincia in questo modo la carriera di Baudolino come creatore di false reliquie.
Sul conflitto fra Milano e Federico e la conseguente distruzione della città di Milano, si veda Paolo Grillo, Le guerre del Barbarossa. I comuni contro l'imperatore.
Bernardino Corio, L'historia di Milano volgarmente scritta dall'eccellentissimo oratore M. Bernardino Corio ... Con le vite insieme di tutti gli Imperatori, incominciando da Giulio Cesare, fino à Federico Barbarossa, Venezia, Giovanni Maria Bonelli, 1554.